El Movimiento de Unidad Plurinacional Pachakutik nació oficialmente en 1995, durante el gobierno de Sixto Durán Ballén después de participar en varias protestas indígenas durante los años previos. Una de ellas ocurrió el 4 de junio de 1990, cuando la Confederación de Nacional Indígenas del Ecuador, Conaie —organización que posteriormente formaría parte de Pachakutik— convocó a una protesta indígena a nivel nacional. Esta revuelta es más conocida como el Levantamiento del Inti Raymi y constituyó un acto político, con el que el movimiento indígena anunció a todo el territorio nacional que buscaban tener un rol de mayor relevancia en el escenario político del país “tras años de marginación social y política”.

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En su conformación oficial, cinco años después, se juntarían otras organizaciones políticas y ciudadanas como la a Confederación de Nacionalidades Indígenas del Ecuador, Conaie; y Nuevo País, formada por el periodista Freddy Ehlers. Ehlers sería candidato presidencial en las elecciones de 1996, en una alianza entre Pachakutik y Nuevo País. Ehlers quedó en tercer lugar, tras Abdalá Bucaram y Jaime Nebot. En segunda vuelta venció Bucaram, que gobernó por un breve período de seis meses. Durante su convulso gobierno,  Pachakutik y el movimiento indígena jugaron un rol fundamental, pues fueron férreos opositores de Bucaram y convocaron a varias movilizaciones nacionales que, junto a aquellas en las que participaron otras organizaciones sociales, terminaron en su destitución . En los siguientes gobiernos —el de Jamil Mahuad y el de Lucio Gutiérrez— ese rol se fortaleció y estas organizaciones fueron protagonistas en el derrocamiento de ambos presidentes. 

Durante el gobierno de Jamil Mahuad, en enero de 2000, varios líderes indígenas militantes en Pachakutik y miembros de la Conaie, se tomaron el Congreso Nacional como una medida de protesta en contra de las medidas económicas que el gobierno había tomado. Junto a ellos, varios militares se rebelaron, Lucio Gutiérrez entre ellos, quien, junto al dirigente indígena Antonio Vargas y al jurista Carlos Solórzano, declararon un triunvirato para gobernar el país. La toma de poder no prosperó y finalmente se posesionó al vicepresidente Gustavo Noboa, según lo dictaba la Constitución. 

En las siguientes elecciones,  en 2003, Pachakutik respaldó la candidatura presidencial del coronel Lucio Gutiérrez. Tras la toma de posesión, Gutiérrez y Pachakutik se distanciaron por varios desacuerdos. Entre ellos, que para Pachakutik, Gutiérrez había dado un giro a la derecha a pesar de haber ofrecido un gobierno de izquierda. Lo acusaban de haberse acercado al Partido Social Cristiano y a Jaime Nebot, y de estrechar la relación con los Estados Unidos, en perjuicio de los intereses nacionales. Eran, además, fuertes detractores del Tratado de Libre Comercio, que proponía el gobierno de Gutiérrez con el apoyo de Estados Unidos. Poco a poco, Pachakutik se distanció del gobierno de Gutiérrez hasta que, junto a otras organizaciones políticas y sociales se sumó a la oposición. Pachakutik convocó a varias marchas para exigir la renuncia de Gutiérrez que, finalmente fue derrocado en abril de 2005. 

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Según se indica en su fan page de Facebook, Pachakutik  se reconoce como un movimiento que promueve el respeto a la diversidad, la interculturalidad, la pluralidad y la plurinacionalidad. También mencionan que “se mantienen en la lucha por ser una alternativa real para el país, (…) forjada desde el pueblo, centrando su objetivo en el ser humano y en la defensa de la vida”. 

Cuando, en 2006, Rafael Correa quedó junto al empresario Álvaro Noboa como candidatos presidenciales en segunda vuelta, Pachakutik respaldó a Correa, “sin condiciones y sin acuerdo alguno de co-gobernar”. Sin embargo ya en la presidencia de Correa, la relación se fue fragmentando rápidamente. Apenas año y medio después de que Correa se posesionara, una buena parte del sector indígena rechazó la actuación del gobierno que reprimió una protesta en Dayuma y tras la cual, la prefecta de Orellana, Guadalupe Llori, de Pachakutik, fue detenida y acusada de sabotaje y terrorismo.

A pesar de eso, para las elecciones de 2009, Alianza País, la organización política que llevó a Correa a la Presidencia, mantuvo la alianza con Pachakutik. Al interior de la organización había mucha tensión porque la división entre quienes querían distanciarse de Correa cuestionaron la decisión de Miguel Lluco, uno de los fundadores de Pachakutik y dirigente en Chimborazo, de mantenerse como aliados. Algunos líderes indígenas se distanciaron de la organización para respaldar abiertamente a Correa, entre ellos, Ricardo Ulcuango, exdiputado por Pachakutik, quien fue designado por Correa Embajador de Ecuador en Bolivia

Otros dirigentes indígenas y militantes de Pachakutik como Yaku Pérez y Lourdes Tibán tomaron pública distancia de Correa hasta convertirse en férreos opositores. Los temas de distanciamiento entre Pachakutik y el gobierno de Correa fueron aquellos relacionados a la explotación petrolera en zonas biodiversas y la protesta social. Durante su gobierno, hubo varias marchas, la última  masiva, llamada “Marcha por la Vida y la dignidad” fue en 2015. Correa la minimizó y la reprimió en su intento de llegar a Carondelet. 

Para 2016, año preelectoral, la división en Pachakutik era evidente. Había tres tendencias: una, afín al correísmo; otra dispuesta a “pactar con la derecha” y una tercera que buscaba unirse a otras organizaciones de izquierda que estuvieran alejadas del oficialismo. Finalmente no presentaron candidato propio y decidieron apoyar la candidatura de Paco Moncayo, quien se postuló por la Izquierda Democrática.

Ya en el gobierno de Lenín Moreno, una de las condiciones para ser parte del diálogo al que Moreno convocó a varias organizaciones políticas y sociales, fue que hubiera 20 indultos y 117 amnistías para los líderes criminalizados en el gobierno de su predecesor. Moreno indultó a siete líderes. En octubre de 2019, estalló el paro indígena que fue respaldado por Pachakutik y amenazó la estabilidad del gobierno. El principal reclamo fue por la liberación de los subsidios a los combustibles, que era parte de un acuerdo con el Fondo Monetario Internacional (FMI). Las protestas que se desencadenaron durante este mes causaron graves violaciones a los derechos humanos además de la pérdida de vidas humanas debido al fuerte enfrentamiento entre ciudadanos y las fuerzas de orden. Las protestas finalizaron con la derogación de esta disposición después de un debate entre el gobierno y el movimiento indígena.

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De cara a las elecciones de 2021, Pachakutik tomó la decisión de presentar como único precandidato al actual prefecto de la provincia del Azuay, Yaku Pérez, candidatura que fue oficializada el 22 de agosto. 

Su candidatura revivió la fragmentación que existe en la organización política. Además de Pérez, eran precandidatos, Leonidas Iza y Jaime Vargas pero ambos declinaron la candidatura como una forma de protesta por los procedimientos internos. Los dos consideraron que “no había garantías” y acusaron a los coordinadores provinciales de Pachakutik de “hacerle el juego a la derecha”. Iza, además, acusó a Pérez de ser “políticamente inmaduro” aunque dijo que apoyarán al proyecto político de Pachakutik, independientemente de quiénes sean sus candidatos. 

Este quiebre muestra, en esencia, las dos corrientes principales que hay al interior del  movimiento que para las próximas elecciones postula a la Presidencia de la República a Yaku Pérez y Virna Cedeño. Ella reemplaza a Larisa Marangoni, la primera candidata que había sido anunciada como aspirante a la vicepresidencia pero que finalmente, tras hacerse públicos unos tuits en los que cuestionaba la movilización de octubre de 2019 y el rol del movimiento indígena, renunció a la candidatura