El 3 de junio de 2020 el Sistema de Oleoducto Transecuatoriano (SOTE) paralizó sus operaciones de bombeo. Según Petroecuador, un nuevo socavón en el río Quijos, la parte alta del río Coca, “pone en riesgo la tubería” en la desembocadura del río en el sector de San Rafael, en el límite interprovincial entre Napo y Sucumbíos. 

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En la madrugada del 3 de junio se cerró la tubería de 1.400 metros de longitud del SOTE, se drenó el crudo con autotanques y se lo llevó a la estación de bombeo de Baeza. Pablo Flores, gerente general de Petroecuador, dijo que la suspensión “evitará cualquier afectación ambiental en caso de presentarse una nueva rotura del SOTE a causa del avance de la erosión regresiva”. Flores dijo que la decisión también precautelaba “la integridad del personal de la empresa pública”. 

El 15 de mayo Petroecuador anunció que construirá una tubería alterna al SOTE en San Rafael para “evitar afectaciones debido a eventos naturales” en la zona del río Quijos. Entre el 6 y el 9 de mayo el río empezó a pasar por un proceso de erosión regresiva. Este fenómeno pasa en la parte alta de los ríos cuando el exterior se pega mucho a la ladera. La base del talud se queda sin soporte y hay un hundimiento conocido como socavón, explica Juan Pablo Villacreces, ingeniero civil experto en suelos. 

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Los oleoductos están en una zona de alto riesgo: un área sísmica con frecuentes deslizamientos de tierra y volcanes a su alrededor, según expertos. La zona de San Rafael ha tenido varios hundimientos en los últimos meses. El 5 de febrero la cascada homónima, la más alta del país, se secó por una implosión y un socavón que alteraron su cauce. Dos meses después, el 7 de  abril, otro socavón en el sector produjo que se rompieran las tuberías del SOTE y del Oleoducto de Crudos Pesados (OCP), interrumpiendo el flujo de crudo. 

El derrame de petróleo provocado por la rotura de las tuberías perjudicó a las poblaciones de la zona. El 29 de abril varias organizaciones indígenas del país presentaron una acción de protección y solicitaron medidas cautelares contra el Estado ecuatoriano. Según las organizaciones, se vulneraron los derechos al agua, a la alimentación y a la salud de más de 120 mil personas que viven en las orillas de los ríos Coca y Napo, afectadas por el derrame de petróleo. El 1 de junio la audiencia se suspendió y todavía no se ha fijado una nueva fecha. 

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El gerente general de Petroecuador dijo el 3 de junio que la suspensión del bombeo del SOTE será “hasta que concluyan los trabajos de construcción de la variante”, que está avanzada en un 62% y se espera que se complete “en los próximos días”. Flores aclaró que “con el actual stock de crudo en el Terminal Balao (en Esmeraldas) la programación de las exportaciones no se verá afectada por la suspensión”. Hasta el momento, el OCP no ha suspendido sus operaciones de bombeo.