Luego del 30 de septiembre de 2010, se abrieron más de cien procesos penales en contra de civiles y policías.El 20 de agosto de 2018, el Consejo de la Judicatura de Transición creó una comisión para recibir información de ciudadanos, organizaciones de derechos humanos sobre posibles casos de persecución política, entre esos casos los sucedidos el 30 de septiembre de 2010. La comisión publicó el informe final Mesa por la Verdad y la Justicia Perseguidos Políticos Nunca Más, en el que dice que el 30-S provocó 1500 procesados, 1200 bajas de uniformados forzadas, 14 mil sanciones disciplinarias administrativas.
En junio de 2013, el expresidente Correa creó una comisión para investigar los hechos del 30 de Septiembre, a través del decreto ejecutivo 22. La comisión estaba conformada por Carlos Baca Mancheno, Diego Guzmán y Óscar Bonilla y entregó un informe a la Fiscalía General del Estado en junio de 2014 con más de 70 mil documentos digitalizados. Esta comisión fue cuestionada por la opinión pública por estar conformada por personajes afines a Rafael Correa. En agosto de 2018, la Contraloría General del Estado inició una auditoría sobre los gastos que realizó esta comisión en la que determinó que los tres integrantes recibieron una remuneración aunque debería realizar la investigación sin recibir un pago. También la auditoría consistió en revisar los gastos de la Secretaría Nacional de Comunicación (Secom) y los medios públicos que transmitieron la campaña comunicacional sobre el 30-S.
Por las demandas en contra de civiles y uniformados se creó la Asociación de Víctimas del 30-S que reúne algunos casos como el de Gerardo Zapata quien fue separado de la Policía Nacional, según Zapata sufrió persecución por su trabajo de inteligencia en la Dirección Nacional de Inteligencia. Francisco Israel Guzmán Buitrón fue notificado en marzo de 2012 por el capitán Estalin Armijos para que se declare culpable de la muerte del estudiante Juan Pablo Bolaños. Juan Estevez era empleado del Ministerio de Obras Públicas y fue despedido de su trabajo porque el entonces ministro del Interior lo vinculó a los hechos del 30-S y fue acusado del delito de obstaculización de las vías públicas, robo de neumáticos de las bodegas del Ministerio de Obras Públicas, abandono de funciones laborales, participación en protestas violentas y delictivas, atentado contra la seguridad de bienes públicos y privados y la integridad física de las personas. El Teniente Coronel de Policía Mario Torres estuvo cumpliendo sus labores el 30 de septiembre pero fue vinculado con la sublevación policial. El caso Rebelión: Paola Mafla, Andrés Solano, Alex López, Héctor Manosalvas. El caso Radio Patrulla: Patricia Santillán y Eduardo Ron. El caso Magnicidio
El estudio Cuando el gobierno es parte procesal: Los derechos humanos y el 30-S, realizado por Byron Real López y César Montúfar Mancheno describe el “Caso Correa vs. Diario El Universo, Emilio Palacio y otros”, en el que se menciona un proceso en contra del medio de comunicación por una columna publicada sobre los hechos ocurridos el 30 de septiembre. En 2011, el expresidente Rafael Correa inició un juicio contra los directivos del diario El Universo: Carlos Eduardo Pérez Barriga, Carlos Nicolás Pérez Lapentti, César Enrique Pérez Barriga y el exeditor de Opinión Emilio Palacio.
El 6 de febrero de 2011, Emilio Palacio publicó una columna de opinión titulada “No a las mentiras”. En ese artículo Palacio decía que Correa podría ser llevado a una corte penal al «haber ordenado fuego a discreción y sin previo aviso contra un hospital lleno de civiles y gente inocente» el 30 de septiembre durante una sublevación policial. Enseguida de la publicación, el 22 de marzo de 2011, Correa interpuso una demanda a título personal contra tres directivos del diario El Universo. Emilio Palacio renunció a su trabajo en El Universo cuatro meses después de la publicación, en julio, y un mes después salió de Ecuador hacia Estados Unidos. Obtuvo asilo político en ese país en agosto de 2012 al ser considerado víctima de persecución política en Ecuador, según una nota de Fundamedios, organización que defiende el derecho a la libertad de expresión de los periodistas.
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En ese proceso judicial, el juez Juan Paredes decidió que el diario debía pagar una multa de 30 millones de dólares y prisión por tres años para los hermanos Pérez y para Emilio Palacio y el pago de 10 millones de dólares adicionales contra la compañía anónima El Universo. Este caso llegó hasta varios organismo internacionales como Human Rights Watch, el Comité para la Protección de los Periodistas (CPJ, en inglés), la Sociedad Interamericana de Prensa (SIP), la Asociación Internacional de Radiodifusión (AIR) y otras asociaciones de prensa que rechazaron la sentencia, porque se lo consideraba como una violación a la libertad de prensa. Además hubo serias denuncias sobre la injerencia del poder ejecutivo en el proceso judicial. El expresidente Correa siempre defendió alegando que se trataba de una publicación calumniosa. En 2012 fue ratificada la sentencia. En febrero de 2020, La Corte Interamericana de Derechos Humanos (CorteIDH) notificó la autorización de la tramitación del Caso Emilio Palacio Urrutia y otros contra el Estado de Ecuador. La CorteIDH analizará el caso para determinar si hubo una violación a los derechos a la libertad de expresión de los demandados por Correa en 2011. Sin embargo, la sentencia dictada en este caso no se ejecutó porque el expresidente Rafael Correa perdonó a los directivos y periodistas del diario El Universo.
Otro de los casos que derivaron del 30-S es el RCTV Ecuador. El 30 de septiembre, grupos de personas se reunieron fuera de las instalaciones del canal de televisión estatal RCTV Ecuador o públicamente conocido como Ecuador TV, para rechazar que fuera el único canal que transmitía los hechos, por orden ejecutiva, a través de una cadena nacional transmitida en los otros canales de televisión.
El día de la insubordinación policial del 30 de septiembre de 2010, varios grupos de personas se expresaron públicamente en contra del Gobierno, en distintos sectores de Quito. Uno de estos grupos se dirigió al canal gubernamental RCTV Ecuador que, durante ese día, centralizaba una cadena nacional en la que se transmitían la información desde la visión gubernamental. Los manifestantes forcejearon para entrar al edificio del canal y causaron daños materiales, unas personas pudieron entrar, los periodistas del canal pidieron la opinión de esas personas y terminó la protesta fuera del canal de televisión. Los directivos del canal denunciaron a 13 personas por los supuestos delitos de sabotaje, terrorismo, destrucción y paralización de servicios públicos; y destrucción de propiedad pública.
La Fiscalía acusó a 13 de personas identificadas como los causantes de los daños en el canal de televisión de tener relación con la retención del expresidente Correa en el Hospital de la Policía. En marzo de 2014, el Segundo Tribunal de Garantías Penales de Pichincha, dictó la sentencia contra las 13 personas y las declaró culpables por los delitos de sabotaje y terrorismo. Recibieron cuatro de cárcel, la sentencia fue ratificada por la Sala Penal de la Corte Provincial de Justicia de Pichincha. El Segundo Tribunal de Garantías Penales de Pichincha reconoció que Francisco Endara Daza uno de los acusados fue señalado como una persona que intentaba apaciguar la situación fuera del edificio de RCTV Ecuador, por lo que Endara recibió la acusación de “complicidad como cooperante indirecto y secundario”, dice el estudio Cuando el gobierno es parte procesal: Los derechos humanos y el 30-S.
El coronel de la Policía César Carrión director del Hospital de la Policía Nacional fue enjuiciado por magnicidio. Luego del 30-S, Carrión fue entrevistado por el canal de televisión CNN, en esa entrevista dijo que en la habitación del hospital donde estaba Rafael Correa no vio ninguna personas con un arma. La declaración causó que el expresidente Correa insultara al coronel Carrión, pues según Correa, Carrión sugerían que no había sufrido ningún intento de secuestro. El 27 de octubre de 2010, Carrión fue encarcelado y enjuiciado por tentativa de magnicidio.
En la demanda presentada por el entonces ministro de Justicia y Derechos Humanos, José Serrano, Carrión era acusado de impedir que el expresidente Correa ingresara al hospital a recuperarse, cerrando con candado la puerta por la que él intentaba entrar. Carrión demostró que los hechos no pasaron así y la Corte Provincial de Pichincha ratificó su inocencia y salió libre en mayo de 2011, luego de casi siete meses en la cárcel. La Policía Nacional inició una investigación administrativa contra Carrión para determinar su responsabilidad en el 30-S, en ese proceso, Carrión recibió la baja por “mala conducta” en diciembre de 2011. En 2012, Carrión comenzó una demanda contra el Ecuador ante la CIDH. La Contraloría General del Estado responsabilizó a Carrión por no haber asegurado las instalaciones del hospital y que fueron destruidas en el 30-S. Carrión tuvo que pagar los daños ocasionados por orden de la Contraloría.
Estos no son los únicos procesos judiciales que desencadenó el 30 de septiembre. La profesora Mery Zamora fue acusada de sabotaje y terrorismo. Zamora habría salido con un grupo de estudiantes a las calles de Guayaquil a protestar. El oficial retirado del ejército, Fidel Araujo fue acusado del delito de rebelión por estar entre un grupo de personas que observaba la sublevación policial. Araujo fue sentenciado a tres años de prisión por el supuesto delito de incitar a la rebelión pero recibió el indulto del expresidente Correa mediante un decreto firmado en 2016.
