La Fiscalía General del Estado anunció el 23 de septiembre de 2020 que solicitó que se asigne fecha y hora para formular cargos en contra de Lenin Mantilla, exsecretario de Salud del Municipio de Quito, por presunto peculado en la adquisición de pruebas para covid-19. La Fiscalía confirmó que también se formularán cargos contra al menos otras tres personas más. 

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El pedido de la Fiscalía se da 4 meses después de una serie de allanamientos que realizó la Fiscalía la madrugada del 27 de mayo —uno de ellos en el departamento de Mantilla— como parte de su investigación en presuntas irregularidades en la compra de pruebas PCR en la Secretaría de Salud de la Alcaldía de Quito durante la emergencia sanitaria. Después de los allanamientos, el alcalde Jorge Yunda anunció que envió un oficio a la Fiscalía para que las investigaciones del tema continúen. Dijo también que decidió destituir a Mantilla de su cargo.

Las investigaciones se originaron por una serie de indicios presentados en un reportaje de Teleamazonas el 26 de mayo de 2020. El reportaje del canal hacía referencia a de “una dudosa adquisición” de las pruebas para detectar el covid-19. El 28 de enero del 2020, Omar Cevallos, concejal de Quito por el movimiento Concertación, entregó a Yunda un informe que mostraba diez presuntas irregularidades que Mantilla habría cometido durante su cargo en el Municipio. 

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Entre las irregularidades que se presentaron en el informe se encuentran por ejemplo,  nombramientos en puestos directivos a personas que no cumplían con los perfiles para esos cargos o que tienen algún vínculo familiar con trabajadores del municipio, presuntas negligencias en la administración financiera de programas sociales impulsados por el municipio y algunas quejas de quienes trabajaban con Mantilla por supuestos malos tratos.

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Adicional a eso, GK, reveló las denuncias de siete mujeres que acusaron al ex secretario y a su equipo de misoginia y maltrato psicológico en el Municipio de Quito. Tras la publicación de GK, la Fiscalía inició una investigación. Hasta el momento, el alcalde Yunda no se ha pronunciado sobre las denuncias.

El 3 de junio de 2020, en una rueda de prensa, Mantilla dijo que “no existe sobreprecio, es un tema de oferta y demanda, conocido nacional e internacionalmente”. Mantilla usó la misma rueda de prensa para defenderse y negar las acusaciones de misoginia en su contra. “Yo respeto a todas las damas que me han acompañado, cuyo aporte ha sido importante y ratificó que es falso”, dijo el exsecretario de Salud del Municipio de Quito.

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Mantilla fue nombrado como secretario de Salud del Municipio de Quito por el actual alcalde, Jorge Yunda, en junio de 2019. Tiene 50 años,  es médico y fue gerente del Hospital Eugenio Espejo en Quito entre 2015 y 2017.