El Ministro de Defensa, Fernando Donoso, estará a cargo del Centro de Inteligencia Estratégica (CIES), antes conocido como Secretaría Nacional de Inteligencia (Senain), que fue creada en 2009 por el entonces presidente Rafael Correa. El presidente Guillermo Lasso Mendoza lo dispuso mediante un decreto ejecutivo, en el que también aceptó la renuncia de Juan Dehowitt Holguín, que ocupó el cargo de director general del CIES desde el 24 de abril de 2020 hasta el 24 de mayo de 2021.

Horas antes, el presidente firmó otro decreto con el mismo número (45) de aquel en que designó a Donoso, en el que encargaba a Ralph Suástegui Brborich, secretario general de la presidencia, como director del CIES, pero ese decreto fue retirado de la plataforma donde se publican los decretos presidenciales y en su lugar —pero con el mismo número— se subió el decreto que nombra a Donoso. Se desconocen los motivos por lo que cambió su decisión o si se trató de un error. 

En 2018, el gobierno de Lenín Moreno, sucesor, antiguo aliado y ahora enemigo capital de Rafael Correa, eliminó a la cuestionada Senain y la reemplazó con el Centro de Inteligencia Estratégica (CIES), cuyo primer director fue Ricardo Luque.

Durante su campaña presidencial, Guillermo Lasso dijo que el CIES sería eliminado. En una entrevista al medio La Posta, Lasso dijo que el CIES no realizaba labores de inteligencia civil porque “si hubiera sido civil, probablemente hubiera generado valor para la sociedad”, pero que la institución se convirtió en “la inteligencia del gobierno, del partido del gobierno, de los políticos en el gobierno”. Según Lasso esta entidad se dedicó a perseguir políticos, periodistas  y personas que estaban en contra del gobierno de Rafael Correa, que gobernó entre 2007 y 2017. 

Según varios reportes de prensa nacionales e internacionales, la Senain se habría dedicado al espionaje político. Un reportaje del New York Times decía que las cámaras de seguridad contratadas para el servicio de emergencias ECU-911 que debían funcionar para la seguridad ciudadana, habría sido utilizadas para acechar a opositores del régimen. En 2015, GK publicó que la Secretaría se encontraba entre los clientes de Hacking Team, una compañía de tecnología que comercializaba “su software en países autoritarios y represores” —tras la revelación, el sitio de GK fue atacado y sacado del aire. 

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En noviembre de 2018, la jueza Daniella Camacho llamó a juicio a Pablo Romero, exjefe de la Senain, a Rafael Correa y a los exagentes de la Secretaría, Raúl Chicaiza y Diana Falcón, por el presunto delito de secuestro de Fernando Balda, enemigo político del expresidente Correa. En 2012, Balda sufrió un intento de secuestro en Bogotá, Colombia en donde vivía autoexiliado. En febrero de 2020, Pablo Romero, exjefe de la Senain entre 2012 y 2014, fue arrestado en las afueras de Madrid, España, y fue extraditado al Ecuador.

El presidente Lasso no ha dicho aún si eliminará el CIES, como ofreció en campaña.