Después del terremoto del sábado en Pedernales, se han registrado 23 réplicas de más de 2.5 grados. La más fuerte fue en Muisne la madrugada del miércoles 20.

La Agencia Estatal Geofísica de Estados Unidos (USGS) registró una réplica de 6.1 grados de magnitud a las 3:33 de la mañana (hora local) a 25 kilómetros de la costa de Muisne, en Esmeraldas, provincia al norte del Ecuador. El sismo duró treinta segundos. Elaercio Trejo, pescador de Cabo San Francisco —a 16.9 kilómetros de Muisne— cuenta que desde el sábado un grupo de pobladores duerme en carpas en una cancha de fútbol del barrio y que, aunque el último sismo registrado no se sintió tan fuerte, «la gente está muy alarmada». Trejo dice que se comunicó con amigos de Muisne quienes confirmaron la muerte de una niña luego de que le cayera una pared encima, y contaron que están evacuando el pueblo de Muisne. Según el diario español El País, las autoridades locales aún no han informado sobre las consecuencias del nuevo sismo. El mismo diario citó datos del Instituto Geofísico del Ecuador que informó que luego del fuerte temblor se registraron más de una docena de réplicas. 

Este es un mapa muestra los detalles del terremoto del sábado 16 de abril de 2016 y de esas veintitrés réplicas mayores, incluida la más reciente de Muisne.