Los hermanos Carlos Santiago y Pedro Andrés Restrepo Arismedi desaparecieron el 8 de enero de 1988 durante el gobierno de León Febres Cordero. Carlos Santiago tenía 17 años de edad y  Pedro Andrés, 14.

Según las investigaciones la desaparición de los hermanos fue responsabilidad del escuadrón de la Policía Nacional (Servicio de Investigación Criminal, SIC-10). Ese escuadrón fue creado en el gobierno de León Febres Cordero y era una estructura clandestina en la Policía Nacional según dice en el informe de la Comisión de la Verdad. Esos escuadrones violaban la seguridad interna,  ponían en riesgo la institucionalidad del Estado y realizaron violaciones de Derechos Humanos, dice el documento. 

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Los hermanos habían sido detenidos mientras circulaban en el carro de su papá Pedro Restrepo, el 8 de enero de 1988. Tras su detención, no hay claridad sobre lo que pasó con ellos aunque hay algunas versiones de la policía que apuntan a que los niños fueron confundidos con personas buscadas por la Policía, detenidos arbitrariamente, torturados y asesinados. Nada se sabe de los restos pues nunca se los encontraron. 

Desde la desaparición de sus hijos, Pedro Restrepo y su esposa y madre de los niños, Luz Elena Arismendi, realizaban plantones cada miércoles en la Plaza Grande frente al Palacio de Carondelet para exigir respuestas al Estado. Tras la muerte de Luz Elena, en un accidente de tránsito en 1994 cuando se dirigía a la laguna de Yambo para comenzar una marcha, Restrepo se casó con Martha Arismendi, hermana de Luz Elena y también figura representativa en la lucha por esclarecer la desaparición de los niños Restrepo. 

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En las protestas y plantones que Pedro Restrepo y Luz Elena hacían, ambos eran acompañados por artistas como el cantautor de protesta Jaime Guevara, además de organizaciones de defensa de los derechos humanos y ciudadanos. Pero llegaba la policía y les quitaba los carteles y las fotos de los dos desaparecidos y los obligaba a desalojar.. Pedro Restrepo realizó los plantones por 19 años. 

Los hermanos habrían  sido secuestrados, torturados, asesinados y arrojados a la laguna de Yambo en la provincia de Cotopaxi, según dijo el exagente Hugo España en su declaración, pero se han realizado investigaciones en esa laguna y las autoridades no han podido encontrar ningún rastro de los cuerpos. 

Durante el gobierno de León Febres Cordero entre 1984 y 1988 se aplicó una política de represión contra los movimientos sociales y de oposición. Uno de esos grupos era Alfaro Vive Carajo, que utilizaba la violencia como mecanismo de presión hacia al estado. Alfaro Vive Carajo fue un grupo armado autodenominado de izquierda revolucionaria y que coincidía con el pensamiento Marxista Leninista. 

La desaparición de los Restrepo ocurrió el viernes 8 de enero de 1988, ese día los padres de los hermanos habían viajado a la playa y la hermana menor de los dos, María Fernanda, una niña de 10 años estaba en una fiesta infantil. Los hermanos salieron de su casa en el vehículo de su padre para despedir a un amigo que viajaba a Estados Unidos. 

Pedro Restrepo y Luz Helena Arismendi —la madre de los niños— regresaron dos días después a Quito y se enteraron de la detención de sus hijos a través de llamadas telefónicas anónimas. En ellas les decían que Carlos Santiago y Pedro Andrés estaban en el Centro de Detención Provisional (CDP), ellos pensaron que sus hijos fueron detenidos por no tener licencia de conducir.  Los padres comenzaron la búsqueda en hospitales y cárceles. El 11 de enero fueron al CDP, donde les negaron que  los jóvenes estuvieran ahí. 

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Luego de 43 días de la desaparición el vehículo fue encontrado en la quebrada que desemboca al río Machángara. La Cruz Roja, la Defensa Civil y Boy Scouts realizaron una búsqueda en la quebrada para intentar encontrar el vehículo y descartar la posibilidad de un accidente de tránsito. 

Al ser un gobierno tan cuestionado por el tratamiento a los derechos humanos, las investigaciones sobre lo ocurrido fueron muy cuestionadas. 

La subteniente Doris Morán estuvo encargada de la búsqueda de los hermanos desde el inicio pero no logró ningún resultado. Ella fue investigada posteriormente  por cohecho y condenada como cómplice en el delito de desaparición y muerte de los hermanos Restrepo Arismendi.  Estuvo a cargo de la investigación por 10 meses y había cobrado honorarios por 80 mil  sucres, moneda que circulaba en Ecuador en ese año. La subteniente había asegurado a los padres que sus hijos estaban vivos y que tuvieran paciencia. Les decía que estaban en diferentes ciudades hasta les dijo que Santiago estaba en un grupo guerrillero. También Morán les decía que los hermanos estaban relacionados con la venta de drogas, según se relata en el documental “Con mi corazón en Yambo”, realizado en 2011 por María Fernanda Restrepo, hermana menor de Santiago y Andrés. En él cuenta la desaparición de sus dos hermanos. En la película María Fernanda Restrepo cuenta la historia familiar y personal en la búsqueda de Carlos Santiago y Pedro Andrés. 

Más de un año después de la desaparición de los niños, ya en el gobierno de Rodrigo Borja, se formó una comisión nacional para investigar la desaparición. La familia Restrepo Arismendi es de origen colombiano por lo que intervino el gobierno de ese país con el Departamento Administrativo de Seguridad (DAS), el departamento concluyó que la policía ecuatoriana era la responsable de la detención y desaparición de los dos jóvenes. En 1991 la Policía de Ecuador se defendió con un informe argumentando que hubo un accidente de tránsito en una quebrada y que habían sido devorados por la fauna. 

En julio de 1988, el SIC de Pichincha había presentado un zapato deportivo que pertenecía a Santiago Restrepo. Pero el zapato no tenía huellas de deterioro por el clima, tampoco tenía huellas de lodo y estaba seco. Cuatro meses después el zapato fue mostrado manchado de lodo.  Esa fue una de las irregularidades presentadas por la Policía para deslindarse de la responsabilidad. 

Rodrigo Borja decretó la formación de una comisión internacional para investigar la desaparición. La comisión estuvo conformada por un experto en desapariciones de la Organización de Naciones Unidas: un miembro de la Comisión Andina de Juristas. Guillermo Arismendi, tío de ambos jóvenes; Juan de Dios Parra, presidente de la Asociación Latinoamericana de Derechos Humanos (Aldhu); un miembro de la Conferencia Episcopal Ecuatoriana; y Gustavo Medina, el procurador general del Estado de esa época. 

En esa investigación, Hugo España, exagente de la Policía, dijo que el 8 de enero de 1988 estuvo de guardia en el Servicio de Investigación Criminal y que el sargento Guillermo Llerena llevó a dos menores de edad y le pidió que los ponga en celdas separadas. España dijo que Llerena se llevó al mayor de los dos jóvenes y luego regresó cargándolo.  Además, dijo que el sargento Llerena y el agente Camilo Badillo se llevaron a los dos hermanos sin informar a dónde. España hizo un parte policial para informar lo que había pasado pero el coronel Trajano Barrionuevo le había recriminado y pedido que se ponga a las órdenes de Llerena. 

El 12 de enero de 1988, España, Llerena y el agente Camilo Badillo habían llevado tres bolsas de plástico hacia la laguna de Yambo. España declaró que se dio cuenta que las bolsas tenían restos humanos, las bolsas fueron arrojadas a la laguna, dijo. 

En noviembre de 1994, el general Gilberto Molina y el exagente Hugo España fueron condenados a dos años de prisión por encubrimiento del delito. Guillermo Llerena y el agente Camilo Badillo recibieron 16 años de prisión, el coronel Trajano Barrionuevo, los tenientes Doris Merchán y Juan Sosa fueron condenados a 8 años de cárcel. 

La sentencia fue apelada por la familia Restrepo y pasó a la Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia. En junio de 1995, la sala dictó la sentencia definitiva e inapelable ratificando el fallo anterior. 

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El caso de la desaparición se presentó el 6 de agosto de 1997 ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) en la que en una solución amistosa, el Estado ecuatoriano aceptó la culpabilidad de los hechos y asumió la obligación de cumplir las medidas reparadoras. El estado indemnizó a Pedro Restrepo con dos millones de dólares por el “daño emergente, el lucro cesante y el daño moral irrogado”. En esa solución amistosa emitida el  5 de octubre del 2000 se comprometió a hacer una nueva búsqueda de los cuerpos de los hermanos. 

En el 2011, la Fiscalía General del Estado reabrió la investigación del caso. En ese momento se recibieron las versiones exagentes del SIC. Se realizó una exhumación en el cementerio el Batán, en Quito porque según esas versiones ahí había cadáveres sin identificar entregados por las Fuerzas de Seguridad del Estado. Pedro Restrepo se realizó las pruebas de ADN con los cuerpos exhumados pero no coincidieron.