Daniel Mendoza, asambleísta por Manabí, anunció este 1 de julio de 2020 su renuncia irrevocable a su cargo de legislador. Lo hizo durante una comparecencia virtual ante la Comisión Multipartidista de la Asamblea Nacional, que investiga las denuncias presentadas contra Mendoza tras su detención el 5 de junio por el presunto delito de delincuencia organizada durante la construcción del Hospital Básico de Pedernales. 

En la comparecencia, Mendoza dijo “Lo hago con el mayor sentido patriótico, puesto que estoy más convencido que nunca que el cambio que el Ecuador necesita no se conseguirá siendo parte del sistema”. Mendoza también acusó a la Comisión de llevar este proceso de una manera politizada

Luego de la renuncia de Mendoza, los integrantes de la Comisión Multipartidista Hector Yépez de  CREO, Xavier Casanova  de Alianza País y Ronny Aleaga de Revolución Ciudadana anunciaron que a pesar de la renuncia de Mendoza la Comisión seguirá con el proceso en su contra y realizará un informe para presentarlo al pleno de la Asamblea. 

La sesión de la Comisión Multipartidista para investigar a Daniel Mendoza se instaló en la mañana del 1 de julio. Previo a la intervención de Mendoza rindieron su versión la Ministra de Gobierno, María Paula Romo y la presidenta del Consejo Nacional Electoral (CNE), Diana Atamaint. 

Durante su comparecencia,  Romo dijo que puede “asegurar que ningún legislador ha tenido injerencia en cómo se administra el presupuesto general del Estado”. A Mendoza la Fiscalía lo investiga por supuesta delincuencia organizada, por irregularidades en un contrato durante la construcción del Hospital Básico de Pedernales, por lo que se presume que tuvo algún tipo de injerencia en el presupuesto.

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Por su parte, Atamamaint habló principalmente acerca de los movimientos políticos Amigo y Mejor, vinculados al asambleísta. Atamiant desmintió que  Jean Carlos Benavides, —ex asesor de Mendoza en la Asamblea, también detenido por la Fiscalía por este caso de corrupción— fuera el secretario ejecutivo del Movimiento Nacional Amigo o que dicha agrupación se haya inscrito en el CNE  “en un tiempo récord de 15 días”,  según un boletín de prensa de la Asamblea Nacional 

El Pleno de la Asamblea aprobó la conformación de esta Comisión Multipartidista , el 23 de junio de 2020. Las denuncias de incumplimiento de la Constitución y la Ley Orgánica Legislativa  fueron presentadas por Tanlly Vera  de CREO y Verónica Guevara asambleísta por Revolución Ciudadana. 

Mendoza cumple con prisión preventiva en la cárcel 4 de Quito desde que un juez así lo dictara el 6 de junio en la audiencia de formulación de cargos en su contra. La Fiscal General Diana Salazar presentó 15 elementos de convicciónque confirmaban una estructura de delincuencia organizada en la construcción del Hospital Básico de Pedernales. Salazar dijo además que el asambleísta Mendoza  habría “coordinado algunas acciones para obtener contratos de obra pública en Manabí”, incluyendo la construcción de este centro de salud.