Como resultado del fenómeno de El Niño, la baja del precio del petróleo, los créditos vinculados y la falta de regulación efectiva, los principales bancos del país se quedaron sin liquidez. Uno de los detonantes fue la Ley General de Instituciones Financieras, que permitía a los bancos otorgar préstamos a sus propios accionistas o administradores. Además, permitía que el Banco Central del Ecuador conceda préstamos a los bancos con problemas de liquidez. 

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En 1998, varios bancos se declararon en quiebra. El 26 de noviembre de 1998, mediante una ley el Congreso Nacional creó la Agencia de Garantía de Depósitos (AGD). 

En teoría, su objetivo era respaldar a los depositantes de los bancos. Esto quiere decir que en el caso de que los bancos no pudieran responder a sus depositantes, la AGD asumía ese papel. Pero, en la práctica, la AGD asumió la caída del sistema financiero e inyectó capital a los bancos que estaban atravesando problemas. E 2 de diciembre de 1998, Filanbanco, uno de los bancos más importante del Ecuador,  pasó a manos del Estado ecuatoriano porque tuvo problemas de liquidez. 

18 bancos quebraron producto de la crisis económica. Entre los principales, Filanbanco, La Previsora, el Banco de Préstamos y El Progreso. El feriado bancario costó a los ecuatorianos más de 8 mil millones de dólares, según un informe entregado a la Comisión Investigadora de la Crisis Económica Financiera. 

Como consecuencia de la frágil situación financiera de los bancos del Ecuador, el Estado decidió otorgar recursos a los bancos privados para evitar su cierre. Los créditos a los bancos privados llegaron a lo mil millones de dólares entre agosto de 1998 y febrero de 1999. Pero los resultados no fueron los esperados. Para el año 2000, se estima que cerca del 70% de la banca privada había quebrado o se encontraba en manos del Estado. 

Un año después y tras serios problemas, el 22 de marzo de 1999, el Banco del Progreso, otro banco insignia, quebró por falta de liquidez. El cierre definitivo del banco provocó una gran marcha en Guayaquil, encabezada por León Febres-Cordero. En la marcha, denominada De los crespones negros, se acusó de favorecer a la banca de la Sierra para perjudicar a la de la Costa. Además, los protestantes reclamaba la independencia de la urbe porteña. En realidad, los bancos habían actuado de forma altamente irresponsable y ante la incapacidad del gobierno de Jamil Mahuad, cayeron, arrastrando con ellos al sistema financiero nacional. La crisis llevó al desempleo a miles de ecuatorianos, y casi dos millones y medio de personas emigraron del país en los dos años siguientes, dejando familias quebradas, ahorros pulverizados e incluso muertes.