El 3 de agosto de 2020 se reportó un enfrentamiento entre personas privadas de libertad (PPL) en el Centro de Rehabilitación Social de Varones en Guayaquil, conocido como la  Penitenciaría del Litoral. Según el Servicio Nacional de Atención Integral a Personas Adultas Privadas de la Libertad y a Adolescentes Infractores (SNAI), confirmó el incidente después de que un video se viralizó en redes sociales.   

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El Comandante General de la Policía Nacional, Patricio Carrillo, confirmó que el enfrentamiento dejó 9 fallecidos —dos de ellos incinerados— , 20 PPLs heridos —tres graves— y 6 policías lesionados en estado crítico. Según la Policía Nacional, se logró restablecer el control en la Penitenciaría alrededor de las 4:45 de la tarde. 

La Fiscalía General del Estado anunció que iniciará una investigación de estos hechos. Según los datos de esta institución los fallecidos son 11, no 9 como dijo Carrillo. 

Inicialmente la Policía Nacional envió unidades tácticas para controlar este enfrentamiento, pero por la gravedad del incidente, grupos militares ingresaron a la Penitenciaría. Después del incidente Carrillo dijo que “la guerra de bandas requiere revisar la gestión penitenciaria y los procesos internos”.

Este es el segundo incidente en el sistema carcelario de Guayaquil en menos de una semana. El 29 de julio la SNAI confirmó la muerte de dos detenidos tras un altercado en el Centro de Privación de Libertad (CPPL) en Guayaquil. 

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En mayo de 2019 después de  varios incidentes violentos en las cárceles del país, el presidente Lenín Moreno declaró en estado de excepción al Sistema de Rehabilitación Social del país. Esta decisión puede ser tomada por el Presidente cuando exista una situación de conflictos que ponga en riesgo la vida de personas o el orden interno del país. 

El estado de excepción del sistema carcelario permitió la movilización de Fuerzas Armadas y de la Policía Nacional para controlar las cárceles; prohibió que las personas privadas de libertad reciban cartas y comunicados del exterior y restringió su movilidad dentro de las cárceles. El estado de excepción duró 60 días. El SNAI informó que durante estos meses se invirtieron “alrededor de 20 millones de dólares en alimentación, en equipos y en el fortalecimiento de esta institución”. Además, en este periodo se capacitó a 1.500 agentes en “seguridad penitenciaria en el contexto de derechos humanos”. 

El gobierno también reemplazó —el 30 de mayo de 2019— al director de la Penitenciaría del Litoral, Alfredo Muñoz, por Héctor Reyna Vivar, quien ya fue director de este centro de rehabilitación entre 2011 y 2014. El l3 de junio de 2019, Moreno designó a Edmundo Moncayo Juaneda como nuevo Director General SNAI. 

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Según la directora de comunicación del SNAI, Paula Mora, desde el fin del estado de excepción de 2019, el caso de muertes violentas en centros de rehabilitación del país se redujeron entre un 60 y 70%.