Un acuerdo ministerial publicado por el Ministerio de Salud Pública (MSP) este 2 de julio de 2020 generó confusión sobre si la emergencia sanitaria declarada el 12 de marzo seguía vigente o no.  El decreto publicado era sobre la finalización de la emergencia sanitaria declarada el 12 de marzo de 2020, y que fue extendida por 30 días el 12 de mayo —es decir, tendría vigencia hasta mediados de junio—. 

El Ministerio renovó la emergencia sanitaria en el acuerdo 00024 publicado el 17 de junio de 2020.  De esta forma la emergencia sanitaria continúa en el país, dijo el MSP en un comunicado que intentaba aclarar la información difundida en redes y en algunos medios sobre la finalización de la emergencia sanitaria. 

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El Ministerio declaró la emergencia sanitaria el 12 de marzo de 2020 un día después de que la Organización Mundial de la Salud (OMS) declarara al covid-19 como una pandemia

El 12 de mayo de 2020, el estado de emergencia sanitaria se extendió por 30 días en el acuerdo 0009, cumplido ese tiempo, el  Ministerio ratificó el estado de emergencia en el acuerdo 00024 publicado el 17 de junio de 2020 por 60 días más, el acuerdo dice que la emergencia sanitaria durará el mismo periodo del estado de excepción renovado hasta el 15 de agosto de 2020. Eso significa que la emergencia sanitaria debería durar hasta el 15 de agosto también. 

Cuando se declaró la emergencia, entre otras cosas, el MSP dispuso que los establecimientos de salud públicos y privados actualicen el número de pacientes que presenten síntomas o afecciones y que hayan recibido atención médica relacionada con el covid-19, por lo que se entiende que cuando culmine la emergencia, esto se dejará de realizar. 

En el primer acuerdo, el MSP prohibió también la exportación de los dispositivos médicos de protección individual para garantizar el abastecimiento en el Sistema Nacional de Salud. En el acuerdo inicial de la declaratoria de emergencia sanitaria, el MSP dice que en la fecha de terminación de la emergencia publicará en el Portal Electrónico del Servicio Nacional de Contratación Pública, un informe con el detalle de las contrataciones realizadas y el presupuesto utilizado para la emergencia. 

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La finalización del estado de emergencia significaría que se dejan de priorizar los recursos económicos y de talento humano para contener la posibilidad de contagio del covid-19. En la emergencia sanitaria se conformó una mesa de técnica de respuesta frente al covid-19, presidida por el Viceministro de Gobernanza y Vigilancia de la Salud, según dice en el acuerdo 00126. 

 Hasta las 8 de la mañana del 3 de julio, Ecuador contabilizaba 60. 657 pacientes confirmados de covid-19 y más de 7 mil fallecidos.