La Conferencia Episcopal Ecuatoriana es una institución que reúne a los obispos del Ecuador para que ejerzan sus funciones pastorales. Según el Código de Derecho Canónico (el cuerpo que contiene la legislación de la iglesia Católica),  una conferencia episcopal es una asamblea de carácter permanente  en la que se reúnen “los Obispos de una nación o territorio determinado, que ejercen unidos algunas funciones pastorales respecto de los fieles de su territorio”. Lo hacen, dice el mismo código, para promover “el mayor bien que la Iglesia proporciona a los hombres, sobre todo mediante formas y modos de apostolado” de acuerdo al lugar y época en que operan. La Conferencia Episcopal Ecuatoriana, puntualmente, según su sitio web, tiene entre sus actividades, “fomentar el bien común entre las iglesias particulares del país”, dice en su sitio web. La ecuatoriana es una de las 24 conferencias episcopales americanas. 

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La Conferencia tiene personalidad jurídica tanto civil como eclesial. Es decir, tiene derechos y puede contraer obligaciones. 

Pertenecen a ella, conforme manda el Código de Derecho Canónico, todos los Obispos diocesanos del territorio. Además, la conforman todos aquellos que tengan un nivel o autoridad similar según las normas de la iglesia, “así como los Obispos coadjutores, los Obispos auxiliares”, que son otras dignidades dentro de la jerarquía católica. Según la normativa eclesiástica, pueden ser invitados a formar parte de una conferencia episcopal los clérigos de otro rito, pero sólo con voto consultivo, “a no ser que los estatutos de la Conferencia Episcopal determinen otra cosa”. 

La del Ecuador, está compuesta por los cuatro arzobispos del país, sus diez obispos auxiliares, sus ocho obispos vicarios apostólicos, un obispo coadjutor, cinco obispos auxiliares y dieciocho obispos eméritos —estos últimos son los que, por haber alcanzado el límite de edad para ejercer su cargo, dejan de encabezar una de las diócesis de las cuatro provincias eclesiásticas que tiene el Ecuador, sus vicariatos apostólicos o el ordinariato militar. 

Las actuales autoridades de la CEE fueron posesionadas en noviembre de 2020. Su presidente es monseñor Luis Cabrera, Arzobispo de Guayaquil.  Su vicepresidente, monseñor Alfredo José Espinoza Mateus, Arzobispo de Quito. Su Secretario General es Monseñor David de la Torre, Obispo Auxiliar de Quito, quien presentó el documento Responsabilidad Política en relación a las elecciones 2021, en las que se elegirán presidente, vicepresidente, asambleístas y parlamentarios andinos. El  Secretario General Adjunto de la conferencia es el reverendo Maximiliano Ordoñez, Presbítero de Quito. Ellos ejercerán sus cargos hasta el 2023. 

La Conferencia Episcopal realiza sus actividades a través de comisiones.Hay una sobre el Magisterio de la Iglesia —que prepara la novena de navidad, hace encuentros de catequesis o cursos de formación online, o la celebración del día del misionero ecuatoriano. Hay otra de Liturgia, que organiza rituales, arte sacro, encuentros nacionales en los santuarios. 

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También están la comisión de Ministerios y Vida Consagrada, la comisión de Laicos, la comisión de Culturas, comisión de Educación y Cultura, la comisión Pastoral Social Cáritas Ecuador, encargada de realizar acción social en la Iglesia Católica. Finalmente está la comisión del  Instituto Teológico Pastoral del Ecuador (ITePE), creado para la formación teológica y ­pastoral de los sacerdotes de las diócesis y vicariatos ecuatorianos. 

Según, su sitio web, la CEE se financia con un fondo social (Fonsoc) creado en 1998. Este fondo fue creado para generar recursos económicos a través de proyectos productivos, dice la propia CEE. El dinero, afirma la Conferencia, es destinado a sus obras eclesiales.