El 2 de septiembre de 2020 venció el plazo para inscribir ante el Consejo Nacional Electoral (CNE) las precandidaturas para las elecciones 2021. El día anterior, el CNE recibió la aceptación de 15 precandidaturas para presidente y 14 precandidaturas para vicepresidente del Ecuador. 

Según el Reglamento de Democracia Interna de las Organizaciones Políticas, los precandidatos elegidos en las elecciones internas deben aceptar su designación ante el CNE en los próximos días después de haberlo nombrado. Es decir, las organización políticas que designaron a sus precandidatos el 23 de agosto tenían como fecha límite el 2 de septiembre para presentar su precandidatura en el organismo electoral. 

Además, de los precandidatos a presidente y vicepresidente, los candidatos a asambleístas nacionales, provinciales y asambleístas del exterior también debían presentar su precandidatura en las oficinas del CNE en Quito, en sus delegaciones provinciales o en los diferentes consulados, dependiendo a qué dignidad aspiren. 

El binomio de la organización política Centro Democrático no fue aceptado por el CNE. El Consejo solo aceptó su precandidatura presidencial, de Andrés Arauz, y la de vicepresidente de Rafael Correa, expresidente del Ecuador, porque Correa no asistió presencialmente al edificio del CNE Nacional. De acuerdo al reglamento de inscripción de candidaturas emitido por el pleno del Consejo Nacional Electoral en agosto de 2020, uno de los requisitos para aceptar una precandidatura es hacerlo en persona. Correa vive en Bélgica desde 2017 y no ha regresado al país, donde enfrenta procesos legales. En uno de ellos, conocido como el caso Sobornos 2012-2016, fue sentenciado a ocho años de prisión por el delito de cohecho. La sentencia fue ratificada en julio de 2020.

Hasta las seis de la tarde del 2 de septiembre no se presentaron las precandidaturas de Washigton Pesántez y José Díaz por el movimiento Unión Ecuatoriana. Por el movimiento FE, Miguel Salem Kronfle y Gustavo Bucaram Ortiz. 

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Las precandidaturas que fueron aceptadas son las de Lucio Gutierrez como presidente y David Norero para vicepresidente por el Partido Sociedad Patriótica. También la de Gerson Almeida como presidente y Martha Villafuerte como vicepresidenta por el movimiento Ecuador Unido. Por el movimiento Libertad es Pueblo fueron aceptadas las precandidaturas de Esteban Quirola para presidente y Juan Carlos Machuca como candidato a vicepresidente. Fabricio Correa, hermano del expresidente Correa, será precandidato presidencial junto con la empresaria Marcia Yazbek para vicepresidenta por el movimiento Justicia Social. 

Por el movimiento Unidad Plurinacional Pachakutik, Yaku Pérez es precandidato a presidente y Virna Cedeño su vicepresidenta. Del movimiento Democracia Sí, fue aceptada la precandidatura de Gustavo Larrea y Alexandra Peralta. Guillermo Lasso y Alfredo Borrero son el binomio del movimiento CREO. Por el Movimiento Nacional Podemos las precandidaturas aceptadas son de Paúl Carrasco precandidato a presidente y Frank Vargas Anda como precandidato a vicepresidente. 

Por el movimiento Amigo están las precandidaturas de Pedro José Freile para presidente y Byron Solís para vicepresidente. Por el partido Izquierda Democrática están Xavier Hervás como candidato a la presidencia y María Sara Jijón como vicepresidenta. Ximena Peña y Patricio Barriga son los precandidatos por Alianza País. Por el Movimiento Suma están los precandidatos Guillermo Celi y Verónica Sevilla. Por el movimiento Concertación los precandidatos son César Montúfar para presidente y Julio Villacreses para vicepresidente. Por el partido Avanza, los precandidatos son Isidro Romero y Sofia Merino. En la mañana del 2 de septiembre, el cantante (y actual ministro de Cultura) Juan Fernando Velasco y Ana María Pesántez aceptaron su precandidatura por el  movimiento Construye Ecuador.  

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Una vez finalizado el plazo para inscribir a los candidatos, inicia otro: el de las alianzas. 

Las alianzas electorales podrán ser registradas en el CNE 15 días antes del inicio del periodo de inscripción de candidaturas, es decir hasta el 3 de septiembre, dijo el consejero José Cabrera en una entrevista en la radio HCJB. El periodo de inscripción de candidaturas comenzará el 18 de septiembre y finalizará el 7 de octubre. Además, las organizaciones políticas que creen alianzas recibirán un 20% adicional del monto asignado para la promoción electoral, según el Reglamento de Conformación de Alianzas Electorales. 

Cristina Reyes junto a Diego Salgado por el Partido Social Cristiano declinaron su precandidatura para apoyar al binomio del Movimiento CREO, ambas organizaciones políticas crearon una alianza.  El 2 de septiembre, el expresidente Abdalá Bucaram anunció que una jueza negó que viaje a Quito para inscribir su candidatura a asambleísta nacional por el movimiento Fuerza Ecuador en el edificio del CNE Nacional. Bucaram tiene una orden de arresto domiciliario y debe usar grillete electrónico por las tres investigaciones abiertas por la Fiscalía en su contra: por presunto tráfico de armas, tráfico de bienes culturales y delincuencia organizada.