El 6 de diciembre de 2019, la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) otorgó medidas cautelares para Pabón y Christian González y el exasambleísta Virgilio Hernández, detenidos por el supuesto delito de rebelión. El organismo regional dijo en su resolución que “tomó en cuenta los hechos denunciados se enmarcan en un contexto de polarización que se habría agudizado especialmente a raíz de las protestas sociales” de octubre de 2019. 

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Ramiro Aguilar, abogado de la prefecta dijo en un video que el objetivo de esas medidas es proteger la vida y la integridad de los tres detenidos. Además, explicó que si Pabón sigue detenida, se estaría violando sus derechos y el ejercicio de sus funciones como prefecta, dijo Aguilar. Tras la concesión de las medidas por parte de la CIDH, los abogados de la prefecta presentarán, hoy, 9 de diciembre, presentarán dos recursos legales para lograr su liberación: una solicitud de hábeas corpus y un pedido de revocatoria de la prisión preventiva.

Ayer terminó la licencia de sesenta días que Pabón solicitó para poder defenderse en el proceso judicial que enfrenta. La licencia le fue concedida, de conformidad con el Código Orgánico Organización Territorial Autonomía Descentralización (Cootad). Si no retoma sus funciones podría ser destituida. Sin embargo, el prefecto subrogante Alex Tonello dijo en una entrevista radial que se le otorgó un periodo de vacaciones  a Pabón hasta los días de navidad.

Pabón, Hernández y González fueron detenidos el 14 de octubre de 2019 en una investigación iniciada por la Fiscalía por el supuesto delito de rebelión. La Corte Provincial de Pichincha negó el 13 de noviembre de 2019, un hábeas corpus a Paola Pabón

El arresto de los tres se dio tras el fin del paro nacional, cuando el gobierno nacional y el movimiento indígena acordaron la derogatoria del decreto 883 que eliminaba el subsidio a los combustibles. En los once días que duró, miles de personas marcharon en protesta de la medida. Hubo once muertos, miles de detenidos, el edificio de la Contraloría fue atacado e incendiado, y algunos opositores de Lenín Moreno —entre ellos Pabón, Hernández y González— fueron señalados como promotores de una desestabilización del gobierno nacional.