El Ministerio de Ambiente y la Secretaría del Agua se fusionaron. Así lo dispuso el presidente Lenín Moreno en el Decreto Ejecutivo 1007 publicado el 4 de marzo de 2020. En el mismo decreto, designó a Juan DeHowitt Holguín como el primer Ministro de Ambiente y Agua después de agradecer los servicios de los titulares del Ministerio del Ambiente, Raúl Ledesma, y de la Secretaría del Agua, Marco Troya. El primer encargo del nuevo Ministro es concretar la unión de las dos instituciones.

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Moreno decretó que todas las “competencias, atribuciones, funciones, representaciones y delegaciones” que le corresponden al Ministerio del Ambiente y a la Secretaría del Agua según la normativa vigente sean asumidas por el nuevo Ministerio. Eso incluye los derechos y obligaciones de los convenios y contratos vigentes de las dos instituciones fusionadas. 

Según el Ministerio de Ambiente y Agua, la fusión de las dos instituciones significa “el fortalecimiento, en presupuesto, en presencia en territorio y en capacidad de gestión para el manejo del agua, principal recurso para la vida y la conservación del país y del planeta”. Ecuador es el primer país de la región en crear un ministerio encargado del agua. En Colombia, Perú, Chile y Argentina hay viceministros, direcciones u oficinas para su manejo. 

Esta fusión es parte del “proceso de fusión y transformación institucional” que está enmarcado en un plan de optimización del Estado dispuesto por el presidente Moreno. El Decreto Ejecutivo 1007 dice que esta optimización debe responder a las “demandas sociales y económicas” de las prioridades del Gobierno. 

Al nuevo Ministerio del Ambiente y Agua serán adscritas la Agencia de Regulación y Control del Agua, la Agencia de Regulación y Control de la Bioseguridad y Cuarentena para Galápagos, el Instituto Nacional de Biodiversidad y el Instituto Nacional de Meteorología e Hidrología (Inamhi). 

Menos de dos horas antes de la publicación del decreto, Raúl Ledesma anunció su renuncia en Twitter. En la publicación incluye la carta de renuncia al presidente Lenín Moreno. En ese documento Ledesma agradeció “la oportunidad de servir el país” pero no detalló las razones de su renuncia. El exministro estaba en Galápagos donde cumplía con su agenda de medios normalmente hasta el mediodía del 4 de marzo. Raul Ledesma fue ministro de Ambiente desde agosto de 2019, antes fue Ministro de Trabajo y Gobernador de la provincia del Guayas. 

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Un día antes de renunciar, Raúl Ledesma rechazó una publicación en la cuenta de Twitter del Ministerio del Ambiente que decía que “el comercio regulado, sostenible y trazable de la vida silvestre puede ayudar a mantener los medios de vida sin causar que las especies sigan disminuyendo”. La publicación fue borrada de la cuenta de Twitter del Ministerio, pero todavía está en la cuenta de la Gobernación de la provincia amazónica de Zamora Chinchipe.  Ledesma dijo que “nunca estará” de acuerdo con un delito y que la publicación fue “una barbaridad”. Según Ledesma,  la publicación fue hecha sin su aprobación por un community manager “irresponsable” y no descarta que haya sido “adrede”. Ledesma no ha sido designado para otro cargo por el presidente Moreno.