Es una etapa del proceso penal en la que la Fiscalía investiga los hechos que podrían ser “los elementos de convicción que permitan deducir la existencia del delito, así como las presunciones de participación de los procesados”, según el experto José García Falconí. 

Es la primera etapa del proceso penal a la que antecede una investigación preprocesal llamada “indagación previa”. En la etapa de instrucción fiscal, la Fiscalía puede pedirle a un juez de garantías penales que ordene medidas cautelares, como la prisión preventiva o la prohibición de salida del país, para asegurar la presencia de los investigados al proceso. Según la Corte Constitucional, el objeto de la instrucción fiscal es “obtener los elementos de convicción, indicios y presunciones de participación, con la finalidad de demostrar la existencia del delito y sustentar la acusación en caso de haberla”, explica García Falconí. 

Cuando la instrucción fiscal concluye (90 días después de empezada) la Fiscalía debe presentar ante el juez de garantías penales sus elementos para que el caso sea llevado a juicio ante un tribunal penal. 

Antes de la instrucción fiscal hay una fase conocida como investigación (o indagación) previa en el que se recolecta todos los elementos que le servirán para probar su teoría sobre el caso. 

El sábado 4 de mayo de 2019, la Fiscalía General del Estado publicó un comunicado oficial con número 006-DC-2019 en donde se informaba a la ciudadanía de que se había iniciado una investigación previa luego de haber recibido un parte policial sobre el reportaje ‘Odebrecht  y otras multinacionales pusieron presidente en Ecuador’, publicado en el portal digital Mil Hojas. La investigación previa de este caso se abrió por los delitos de cohecho, tráfico de influencias, delincuencia organizada y lavado de activos. 

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Cuando se termina esta etapa se solicita una audiencia de formulación de cargos a un juez –el 5 de mayo de 2019, fue la audiencia de formulación de cargos del caso en la Unidad de Flagrancia de Quito– y se abre la Instrucción Fiscal por 90 días, que en el caso ‘Sobornos 2012-2016’ termina el 20 de septiembre de 2019.