La noche del miércoles 3 de julio, el Tribunal de la Corte Nacional de Justicia resolvió que Alexis Mera en lugar de la prisión preventiva cumpla arresto domiciliario. Además dispuso el uso de un grillete electrónico. Los jueces nacionales Edgar Flores, Luis Enríquez y David Jacho instalaron la audiencia de apelación de prisión preventiva solicitada por Mera, en la que con los votos de Flores y Enríquez, se aceptó el pedido del exfuncionario del gobierno de Rafael Correa. Enríquez salvó su voto —es decir que votó en contra del levantamiento de la medida de prisión para Mera.

La fiscal, Diana Salazar, en declaraciones posteriores a la prensa, se mostró inconforme con la decisión del tribunal, aunque dijo que la Fiscalía ya se esperaba ese resultado. “La Fiscalía General del Estado está actuando afín de que estos hechos relacionados con la corrupción no queden en la impunidad, pero la función judicial, se nota que no está haciendo su trabajo, dijo, asegurando que la Fiscalía fundamentó adecuadamente las razones para la prisión preventiva.  “Así lo ha ratificado uno de los jueces, pero dos de los jueces han tomado esta decisión. Por eso se vuelve más importante e imperante que el Consejo de la Judicatura apresure el proceso de selección y evaluación de los jueces de la Corte Nacional de Justicia para que los ecuatorianos podamos tener resultados acorde a la realidad procesal y lejos de los intereses que envuelven a los jueces que actualmente han dictado esta medida”, dijo.

El abogado de Alexis Mera, Fausto Jarrín, dijo que la fiscal no tiene por qué “emitir criterios subjetivos sobre el trabajo de los jueces”. Dijo además que espera que Mera salga esta misma noche de la Cárcel 4 para poder trasladarse hacia Guayaquil, ciudad en la que vive.