El 20 de julio de 2020 comenzó el proceso de matriculación para el año escolar 2020-2021 en el régimen Sierra Amazonía. El Ministerio de Educación activó ese día la página web Juntos Educación para la matriculación de los estudiantes que por primera vez ingresan al sistema educativo fiscal: las niñas y niños que comienzan su educación inicial y primero de básica (desde los 3 a los 5 años) y de los estudiantes de segundo de básica a tercero de bachillerato que quieran cambiarse de una institución particular, fiscomisional, municipal a una fiscal. La página web estará disponible desde el 20 de julio hasta el 10 de agosto y se hará escalonadamente. 

El proceso de matriculación se realizará en línea para mantener el distanciamiento físico y evitar el contagio de covid-19. Si los padres de familia no tienen acceso a Internet, pueden realizar el proceso mediante una llamada telefónica a las oficinas del Ministerio de Educación en cada provincia.

Para realizar la matriculación hay que seleccionar la opción de Matriculación Sierra, después elegir las opciones de acuerdo al cupo que desean obtener: para un estudiante de educación inicial o realizar el cambio de particular, fiscomisional, municipal a fiscal, luego escribir el correo electrónico del representante, los números de cédula del estudiante y del representante o el pasaporte en caso de ser extranjeros, en un comunicado el Ministerio de Educación dice que este último requisito no es obligatorio. 

También se debe ingresar el código único de la planilla de energía eléctrica, el código sirve para ubicar la dirección domiciliaria exacta  del estudiante y el sistema del Ministerio de Educación le muestra solo los nombres de las instituciones educativas en las que hay cupos disponibles y están cerca a la casa en la que viva el estudiante, seleccionar la que prefiera. Si el padre de familia no tiene el código de la planilla, debe escribir los nombres de las calles de la casa o una referencia de dónde vive el estudiante para ubicar las instituciones educativas. Al finalizar se imprime un certificado de matrícula. 

 Este proceso no lo deben hacer los estudiantes que ya están matriculados en un colegio o escuela pública, porque su matrícula se realiza de forma automática para el nuevo año escolar. Desde el 14 de agosto al 23 de agosto, el Ministerio de Educación abrirá la etapa de traslado de estudiantes entre instituciones educativas públicas por motivos como discapacidad, violencia intrafamiliar o migración. El año escolar en la Sierra y la Amazonía comenzará el 1 septiembre de 2020.